Według Jana Długosza, Główna istniała już przed rokiem 1231. Należała zapewne do biskupstwa, gdyż był tu kościół i dwór biskupi, które spłonęły w 1260 roku. Trzy lata później biskup litewski Wit poświęcił odbudowany Kościół pod wezwaniem Wszystkich Świętych i św. Wawrzyńca. Brak późniejszych wzmianek powala przypuszczać, że został on zniszczony przed XV wiekiem.
Kolejnym kościołem na Głównej była znana nam doskonale świątynia według projektu architekta Mieczysława Powidzkiego. Poświęcona 15 sierpnia 1912 roku służyła początkowo jako filia kościoła parafialnego św. Jana Jerozolimskiego. Dopiero dekret arcybiskupa gnieźnieńskiego i poznańskiego kardynała Edmunda Dalbora wyłączył Główną z parafii św. Jana, czyniąc ją od 1 stycznia 1924 roku samodzielną parafią. Pierwszym proboszczem został ks. Antoni Chilomer. Rok później Główna stała się dzielnicą Poznania, a w 1936 roku z niej wydzielono nową parafię pod wezwaniem Chrystusa Odkupiciela na obecnym Osiedlu Warszawskim.Czas wojny i okupacji hitlerowskiej pozbawiły Główną duszpasterzy: proboszcz został wysiedlony do Generalnego Gubernatorstwa, a wikariusz, ksiądz Mieczysław Grzesiek aresztowany i wywieziony do obozu koncentracyjnego w Dachau. Posługę duchowną pełnił jeszcze do 1944 roku ksiądz Jan Paczkowski, a także ukrywający się w Bogucinie ksiądz Edward Wojdyjak. Świątynia parafialna został zamknięta 6 października 1941 roku. Ograbiona z cennych przedmiotów, zniszczona i pozbawiona ufundowanych przez parafian w roku 1936 dzwonów, użytkowana była między innymi jako składnica mebli.
Po wyzwoleniu Poznania wrócił do parafii dotychczasowy proboszcz, ale zrezygnował z pełnienia swych obowiązków. Na jego miejsce powołano księdza Antoniego Cieciorę. Niezwłocznie, przy wydatnej pomocy parafian, przystąpiono do odbudowy zniszczonego kościoła, a profesorowie Wacław Taranczewski i Stanisław Szczepański podjęli prace malarskie w jego wnętrzu.
Po wojnie liczba parafian wynosiła ok. 7 – 8 tysięcy. Wobec dynamicznego rozwoju dzielnicy istniejący kościół przestał wystarczać, dlatego powrócono do przedwojennej koncepcji jego rozbudowy. Wstępne projekty wykonano już pod koniec lat 40, ale wieloletnie starania i przygotowania do budowy ostatecznie nie dały żadnego efektu. Z perspektywy czasu – doświadczając aktualnych potrzeb parafii na Głównej, a także krytycznie oceniając słabe projekty – można tylko się cieszyć, że do tej rozbudowy nie doszło.
W dniu 30 maja 1981 roku, po 36 latach działalności duszpasterskiej na Głównej zmarł ksiądz Antoni Cieciora. Administrację przejął nowy proboszcz, ksiądz Kazimierz Frąckowiak. Wtedy to, na podarowanym parafii gruncie w Bogucinie podjęto budowę kaplicę pod wezwaniem Matki Bożej Różańcowej. Złożona z używanych elementów zakupionych od parafii Św. Ducha w Antoninku, została poświecona w 1982 roku. Podczas pierwszej wizyty Jana Pawła II w Poznaniu (1983) kompleks budynków parafialnych powiększył się o Dom Katechetyczny noszący imię papieża. Prace budowlane podejmowane w kolejnych latach związane były między innymi z ogrodzeniem terenów przy kościele i kaplicy oraz założeniem witraży. W dniu 16 marca 1991 roku zmarł ksiądz proboszcz Kazimierz Frąckowiak. Pochowany został na cmentarzu Miłostowskim, w sąsiedztwie swego poprzednika księdza Cieciory. Parafię objął ksiądz Andrzej Wojciechowski, który swój urząd piastował jedynie dwa lata.
13 września 1993 roku, do parafii przybył obecny proboszcz ksiądz kanonik Jan Bartkowiak. Wiele lat posługi księdza Bartkowiaka w parafii Niepokalanego Poczęcia NMP zaznaczyło się dużą troską i staraniem duszpasterskim, ale także licznymi inwestycjami i remontami zarówno w świątyni, jak i na terenie przykościelnym. Z ważniejszych wydarzeń trzeba wspomnieć o: przełożeniu dachu na kościele w 1994 roku, położeniu kostki brukowej wokół kościoła w latach 1995 – 1997, renowacja elewacji na Kościele, ale i na salkach oraz budynku probostwa w 1998 roku, remont salek katechetycznych i wymiana ogrzewania w 1999 roku. W tym czasie w Bogucinie została wzniesiona grota Matki Bożej Fatimskiej oraz zagospodarowany teren wokół kaplicy: położony chodnik i założone oświetlenie. Natomiast rok 2000 rozpoczyna okres prac wewnątrz świątyni: w tym roku pojawiły się nowe ławki, w roku następnym ustawiony został nowy stół ołtarzowy i wyłożone płytkami prezbiterium, ogrzewanie olejowe założono w 2002 roku, a w 2003 wnętrze kościoła zostało wymalowane przez Leszka Urbanowicza. Wykonanie nowych konfesjonałów przez Antoniego Leitgebera z Bogucina oraz położenie posadzki przez firmę pana Jóźwiaka z Otorowa w roku 2004 zakończyło całościowy program renowacji i modernizacji wnętrza świątyni.
